این کمیسیون در گزارش خود که موارد بدرفتاری و شکنجه زندانیان در جریان سال گذشته‌ی خورشیدی را مستند کرده است، می‌گوید که هرچند موارد شکنجه زندانیان طی سال‌های اخیر در افغانستان کمتر شده، اما آبانهم برخی از زندانیان توسط نیروهای پولیس و امنیت ملی شکنجه می‌شوند.
داکتر سیما سمر رییس کمیسیون مستقل حقوق بشر افغانستان، روز یکشنبه، در یک کنفرانس خبری با ارایه یافته‌های این کمیسیون در باره وضعیت زندانیان، گفت که تاکنون هیچ فردی به اتهام اعمال شکنجه علیه زندانیان بازداشت و تحت پیگرد قرار نگرفته است. خانم سمر می‌گوید: «باوجودی که آمار شکنجه در افغانستان بسیار پایین آمده، اما کمیسیون مستقل حقوق بشر از موجودیت شکنجه در محلات سلب آزادی تحت کنترول امنیت ملی و وزارت امور داخله قضایایی را به ثبت رسانده که در این رابطه ما اظهار تشویش می‌کنیم و امیدوار هستیم که هیچ کسی مورد شکنجه یک یک عمل غیرانسانی و غیراسلامی است قرار نگیرد. اما، هیچ کسی از طرف نیروهای امنیتی یا مسوولان بدلیل شکنجه کردن تحت بازجویی قرار نگرفته است.»
کمیسیون مستقل حقوق بشر از شکنجه زندانیان به عنوان یک عمل غیرانسانی یاد کرده و در گزارش خود از هفتاد و هفت مورد شکنجه زندانیان در جریان سال گذشته‌ی خورشیدی خبر داده است. در گزارش این کمیسیون آمده است که بیشترین موارد شکنجه زندان در نظارت خانه‌های مربوط به امنیت ملی و وزارت امور داخله در ولایت‌های کندز، بغلان، ننگرهار، قندهار، هرات، بادغیس، نمیروز و هرات صورت گرفته است. کمیسیون مستقل حقوق بشر تاکید می‌کند موارد ثبت نشان می‌دهد که رقم شکنجه زندانیان در افغانستان در سال 1394 نسبت به سال قبل آن کاهشی نداشته است. این کمیسیون می‌افزاید که شکنجه زندانیان توسط پولیس در ولایت قندهار، توسط نیروهای امنیت ملی در ولایت‌های بغلان، کندز و ننگرهار نسب به سال قبل آن بیشتر شده است.
کمیسیون مستقل حقوق بشر افغانستان می‌افزاید اکثریت زندانیانی که مورد شکنجه قرار گرفته‌اند، در ارتباط به همکاری با گروه‌های تروریستی از جمله طالبان بازداشت شدهاند. به گفته این کمیسیون، شکنجه زندانیان بیشتر به منظور اعتراف صورت گرفته و پس از اعتراف زندانیان متوقف شده است. در گزارش آمده است: «دریافت‌های کمیسیون بیانگر این است که شیوه‌های مختلف شکنجه در مراکز مختلف سلب آزادی مروج است. لت و کوب بیشتر از همه معمول بوده، اما سایر شیوه‌ها نیز مانند تهدید به کشتن، لت کردن با شاخه‌های چوب، کیبل برق و پایپ، ضربه زدن با مشت و لگد، قنداق تفنگ، ایستاد کردن اجباری برای مدت طولانی، استفاده از زولانه، ولچک و سایر انواع شکنجه گزارش شده است.»
کمیسیون مستقل حقوق بشر می‌افزاید که شکنجه و بدرفتاری با زندانیان در زندان ولایت قندهار توسط پولیس و توسط نیروهای امنیت ملی در زندان‌های ولایت‌های بغلان و کندز به یک عمل «تکراری» تبدیل شده و به طور «گسترده» ادامه دارد. این کمیسیون در گزارش خود می‌گوید: «گستردگی شکنجه در این ولایت‌ها، مراکز سلب آزادی مذکور را به بد‌ترین مراکز سلب آزادی تبدیل کرده است. همچنین کمیسیون شکایاتی را دریافته مبنی‌بر این که در طول سال‌های 1390 تا 1392، شانزده تن از کسانی که به ظن همکاری با گروه طالبان توسط پولیس ولایت قندهار گرفتار شدهاند پس از گرفتاری ناپدید شدهاند. این رقم الی ماه قوس سال 1394 به بیست و چهار تن می‌رسید.»
کمیسیون مستقل حقوق بشر از بازداشت‌های خودسرانه و غیرقانونی نیز به عنوان یک مسایل مهم نقض حقوق بشر در این کشور توصیف کرده می‌گوید که به طور اوسط سالانه نزدیک به سه‌صد تن به صورت غیرقانونی بازداشت و زندانی می‌شوند. این کمیسیون تاکید می‌کند که رقم نگهداری بازداشت‌شدگان خود سرانه و غیرقانونی طی ماه‌های اخیر کاهش یافته است. به گفته کمیسیون مستقل حقوق بشر، در جریان سال گذشته‌ی خورشیدی 275 نفری که به صورت خودسرانه و غیرقانونی بازداشت شده بودند، در نتیجه اقدامات این کمیسیون آزاد شدهاند.
کمیسیون مستقل حقوق بشر افغانستان می‌گوید که هنوزهم در زندان بگرام در شمال کابل بیش از چهار هزار زندانی به سر می‌برند. به گفته این کمیسیون، مدت حبس بیش از سه‌صد نفر از این زندانیان خاتمه یافته است.
زندان بگرام که در آن مظنونان اقدامات تروریستی نگهداری می‌شدند، مسوولیت کنترول و مراقبت آن نزدیک به سه سال پیش از نیروهای بین‌المللی به دولت افغانستان واگذار شد. این زندان از جمله زندان‌های اصلی نیروهای خارجی در افغانستان به شمار می‌رفت.
کمیسیون مستقل حقوق بشر از بی‌سرنوشت ماندن صدها زندانی نیز خبر داده می‌گوید که این زندانیان از سال‌ها به این سو در این حالت به سر می‌برند.
آن طوری که سیما سمر رییس کمیسیون مستقل حقوق بشر افغانستان می‌گوید در حال حاضر در تمام زندان‌های این کشور بین بیست و نه تا سی هزار نفر زندانی هستند که اکثریت شان به اتهام ارتکاب جرایم جنایی و تروریستی بازداشت شدهاند.
