این وزارت می‌افزاید که به منظور جلوگیری از فساد اداری در این نهاد مهم امنیتی، برنامه‌های زیادی را رویدست گرفته است. به گفته وزارت دفاع،ایجاد و فعالیت بورد رهبری ارشد تحت رهبری وزیر دفاع، ایجاد کمیسیون عالی مبارزه با فساد تحت رهبری معاون اول وزارت دفاع، ایجاد کمیته انسجام مبارزه با فساد اداری تحت رهبری سرمفتش وزارت دفاع و ایجاد کمیته‌های شفافیت و حساب‌دهی در قول اردوها، فرقه‌ها، لواها و فرماندهی‌های حمایتی از جمله اقدامات وزارت دفاع به منظور جلوگیری از فساد اداری است.
وزارت دفاع با انتشار اعلامیه‌ای در واکنش به انتشار گزارشی در مورد فساد در نهادهای امنیتی افغانستان، می‌گوید: «غرض انسجام فعالیت موثر کمیسوین‌های فوق الذکر پالیس‌های مبارزه با فساد و کنترول داخلی و پلان طویل‌المدت مبارزه علیه فساد اداری ترتیب و به مراجع ذیربط ارسال گردیده است. کار وفعالیت کمیسیون‌ها و کمیته‌ها نتایج مثبت را بدست آورده است.»
وزارت دفاع از ثبت دارایی‌های جنرالان و مسوولان بخش‌های حساس این وزارت نیز خبر داده می‌افزاید که ثبت دارایی‌ها از جمله اقدامات جدی در راستای جلوگیری از فساد اداری به شمار می‌رود. به گفته این وزارت، قراردادهای مربوط به وزارت دفاع نیز مطابق به قانون تدارکات طی مراحل شده و شفافیت در آن رعایت می‌شود.
وزارت دفاع همچنین تاکید کرده که ارقام دقیقی از شمار و ضایعات سربازان اردوی ملی نیز وجود دارد و معاش این سربازان نیز از طریق حساب‌های بانکی‌شان حواله می‌شود. وزارت دفاع می‌افزاید: «با در نظرداشت اجراآت فوق، منسوبین خیالی در وزارت دفاع ملی وجود ندارد و محاسبه آن به اساس یک پروسیجر دقیق و شفاف صورت می‌گرد و ارقام ارایه شده از جانب این وزارت حقیقی می‌باشد.»
روز گذشته دیدبان شفافیت افغانستان، با انتشار گزارشی گفت که نزدیک به پنجاه درصد سربازان در صفوف نیروهای امنیتی خیالی هستند و معاشات شان به جیب افراد دیگری می‌روند.
