دولت جمهوری اسلامی ایران با صدور بیانیه‌ای در واکنش به حمله شبانه اسرائیل، این اقدام را مصداق آشکار تروریسم دولتی دانست و تأکید کرد که جمهوری اسلامی ایران، پاسخ محکم، مشروع و بی‌تردیدی به این جنایت خواهد داد.
به گزارش خبرگزاری ایسنا، دولت ایران طی بیانیه ای در واکنش به حملات اسرائیل اعلام کرد: "تجاوز شبانه رژیم صهیونیستی به میهن‌مان که به شهادت شهروندان، سرداران و دانشمندان عزیزمان منجر شد، ثابت کرد که این رژیم نامشروع به هیچ قاعده و قانون بین‌المللی پایبند نیست و همچون زنگی مست، پیش چشم جهانیان از جمله غربیان مدعی حقوق بشر، رسماً و با وقاحت تمام دست به ترور می‌زند و آتش جنگ را می افروزد."
دولت جمهوری اسلامی ایران افزود: "آغاز جنگ با ایران، بازی با دم شیر است. عملیات بزدلانه شبانه در حالی انجام شد که مسیر دیپلماسی درباره پرونده هسته‌ای ایران در جریان بود؛ اقدامی که از هراس این رژیم نسبت به قدرت اقناع و دفاع ایران برای جهانیان حکایت دارد. ما ایرانیان گرچه در دویست سال گذشته هرگز آغازگر هیچ جنگی نبوده‌ایم، اما در دفاع از میهن خود ذره‌ای تردید نداشته و نخواهیم داشت."
دولت ایران، اسرائیل را "ذاتاً تروریست خواند" و افزود: "تجاوز اسرائیل به آسمان مقدس ایران و ترور ناجوانمردانه سرداران کشورمان نشان داد که ادعای تفکیک میان ملت، دولت و حاکمیت ایران در اهداف تروریستی تل‌آویو، دروغی وقیحانه است. اکنون ما، همه ما در ایران، از ملت و دولت و حاکمیت، می‌توانیم با صدایی بلندتر از همیشه، تروریستی بودن و متجاوز بودن صهیونیست‌ها را فریاد بزنیم و انتقام و دفاع را حق مشروع خود بدانیم. ملت ایران یکپارچه‌تر و متحدتر از همیشه، بدون هیچ اختلاف سیاسی، پاسخ محکمی به این رژیم کودک‌کش و تروریست خواهد داد. دفاع از این آب‌وخاک و آسمان و فرزندان و سرداران و دانشمندان و همه شهروندان، مسئولیت و وظیفه دولت جمهوری اسلامی ایران و نیروهای مسلح آن است که ذره‌ای در آن کوتاه نخواهیم آمد."
در این بیانیه آمده است: "با چنین رژیم درنده‌ای جز به زبان قدرت نباید سخن گفت. جهان اکنون پافشاری ایران بر حق غنی‌سازی، فناوری هسته‌ای و توان موشکی را بهتر درک می‌کند. عدو سبب شد مظلومیت و حقانیت ما به اثبات برسد؛ اینکه متجاوز کیست و چه کسی امنیت منطقه را تهدید می‌کند. اقدامات دفاعی، سیاسی و حقوقی برای پشیمان کردن رژیم نامشروع اسرائیل از همین لحظه آغاز شده و خواب را بر صهیونیست‌ها حرام خواهد کرد. انتقام تک‌تک شهدایمان را خواهیم گرفت و نقض حاکمیت ملی ایران را به گناهی نابخشودنی برای اسرائیل بدل می‌کنیم."
دولت ایران ضمن هشدار به نهادهای بین‌المللی خاطرنشان کرد: "از شورای امنیت سازمان ملل متحد می‌خواهیم در برابر فروپاشی نظم بین‌الملل، از حیثیت و موجودیت خود دفاع کند. اما ما معطل این نهادها نمی‌مانیم. چنانکه رهبر انقلاب فرموده‌اند، "دست قدرتمند نیروی مسلح جمهوری اسلامی او را رها نخواهد کرد، باذن‌الله." انتقام نزدیک است؛ نزدیک‌تر از رگ گردن به صهیونیست‌های تروریست. این صدای یک ملت است و یک دولت که جهان را به شهادت می‌طلبد که ما آغازگر جنگ نبودیم."
اما پایان این داستان به دست ایران نوشته خواهد شد.