به گفته او، نیروهای امریکایی او را به بهانه اینکه طالب بوده و خلاف امریکا فعالیت میکرده، گرفتار به مدت ۵ ماه در زندان بگرام و سپس مدت ۵ سال در زندان گوانتانامو زندانی و شکنجه نمودند.
محمد نسیم میگوید امریکایی ها بدون اینکه جرم وی ثابت شده باشد، او را در بند نگه داشتند و شکنجه نمودند.
او میگوید در جریان حبس اش با استفاده از شیوه های مختلف مورد شکنجه قرار گرفته است و او حالا توازن ذهنی اش را از دست داده است و همواره از ادویه جات مختلف استفاده میکند