به گزارش اسپوتنیک، او در ۱۰ جون سال ۲۰۰۰ در حالی که از چند بیماری مزمن رنج می‌برد، در جریان یک دیدار رسمی درگذشت.
او در حالی‌که با امیل لاهود رییس جمهور وقت لبنان در حال ملاقات بود، جان باخت. لاهود بعدتر در مورد لحظۀ مرگ او سخن گفت. به گفتۀ رییس جمهور وقت لبنان، آقای اسد در آن دیدار بر خروج نیروهای اسراییلی از از جنوب لبنان و در مورد روابط دو لبنان با سوریه صحبت کرده بودند. به گفتۀ وی، اسد وقتی در مورد میراثی که باید از خود بر جای بگذارد سخن می‌گفت، ناگهان ساکت شد.
عزاداری برای او سه شب و سه روز دوام یافت و جنازه وی را به سوریه منتقل کردند.
او در سیزدهم جون در شمال‌غرب سوریه به خاک سپرده شد و شهروندان زیادی خانه‌های خود را سیاه‌پوش کردند.
پس از مرگ حافظ اسد، پسرش بشار اسد که در آن زمان ۳۴ سال داشت، رییس جمهور شد. برای ریاست جمهوری اسد، قانون اساسی سوریه تغییر کرد زیرا در آن گفته شده بود که فرد کمتر از ۴۰ سال نباید رییس جمهور شود. بشار اسد حالا ۲۱ سال است که در سوریه ریاست جمهوری میکند.