به گزارش اسپوتنیک به نقل از ایندیپندنت، عباس عراقچی، معاون سیاسی وزارت خارجه جمهوری اسلامی ایران در مورد دفتر طالبان به نام (شورای مشهد) در ایران اظهار بی‌اطلاعی کرد و گفت این چیزی است که شاید طالبان برای خود درست کرده باشند. با این حال عراقچی حضور طالبان در ایران را انکار نکرد. او اظهار داشت که چند بار نماینده‌هایی از گروه طالبان به ایران آمده‌اند و با تعدادی از مقام‌های جمهوری اسلامی از جمله خود او دیدار کرده‌اند. طبق ادعای آقای عراقچی این دیدارها و گفت‌وگوها نظام‌مند بوده و دولت افغانستان از آن‌ها آگاه است.
با این که عراقچی تلاش کرد تا سطح رابطه جمهوری اسلامی با گروه طالبان را کم و ابتدایی جلوه بدهد اما واقعیت این است که رابطه طالبان با جمهوری اسلامی مستحکم‌تر از آن چیزی است که مقام‌های ایران اعلام می‌کنند. به خصوص منطقه غرب افغانستان را می‌توان نقطه کانونی نفوذ جمهوری اسلامی بر طالبان دانست.
به تازگی طالبان حملات زیادی در غرب افغانستان به خصوص در استان‌های بادغیس، هرات و غور انجام داده‌اند و تلفاتی هم به نیروهای امنیتی وارد کردند. مقام‌های محلی در غرب افغانستان می‌گویند که طالبان سناریوی اطلاعاتی کشورهای همسایه را در افغانستان پیاده می‌کنند. آنان هم‌چنین می‌گویند که جمهوری اسلامی ایران به صورت آشکار به حمایت طالبان در این منطقه برای افزایش خشونت می‌پردازد. نفوذ سپاه پاسداران بر طالبان در غرب افغانستان کاملا آشکار و هویدا شده است.
وال‌استریت ژورنال در سال ۲۰۱۲ و در گزارشی افشا کرد که طالبان در شهر زاهدان در استان سیستان و بلوچستان ایران دفتر رسمی دارند. همین روزنامه در سال ۲۰۱۵ بار دیگر خبر داد که طالبان در مشهد نیز دفتری ایجاد کرده‌اند. تعدادی از مقام‌های امنیتی افغان نیز گفته بودند که یک پایگاه نظامی در نزدیکی مرز ایران با افغانستان در استان هرات که در دوره سلطه طالبان بر افغانستان در اختیار نیروهای مجاهدین قرار داشت پس از فرار طالبان از افغانستان در اختیار این گروه قرار گرفته است. گزارش‌های دیگر نیز می‌رساند که بخشی از طالبان خانواده‌های خود را به ایران فرستاده‌اند و آن‌جا نیز تحت حمایت سپاه قرار دارند.
از سوی دیگر سپاه به حمایت‌های نظامی خود را از طالبان ادامه می‌دهد. رسانه‌های بین‌المللی گزارش داده بودند که بخشی از نیروهای ویژه طالبان که به نام قطعه سرخ یاد می‌شوند، در استان کرمان توسط مربیان سپاهی ایران آموزش جنگی می‌بینند. ضمن این‌که چندین محموله تسلیحات و جنگ‌ابزار که توسط جمهوری اسلامی به طالبان فرستاده شده بود، به چنگ نیروهای امنیتی افغانستان افتاد.