گزارش شده است که، احزاب مخالف با ادامه فعالیت آنها مخالفت کردند و برخی هم در خصوص ادامه فعالیت آنها گفته‌اند که تصمیمی در این‌باره نگرفته‌اند. در سال 2017 و دو سال پس از ایجاد آنها، این دادگاه‌ها با رای پارلمان توانستند به کار خود تاکنون ادامه دهند.
این دادگاه‌ها در سال 2015 و به دنبال کشته شدن بیش از 130 دانش‌آموز در یک کتب متعلق به ارتش پاکستان در سال 2014 ایجاد شدند.
در حمله شانزدهم دسامبر 2014 به مکتب پیشاور، هفت نفر از نیروهای طالبان در حالی که مواد منفجر به خود بسته بودند، با بریدن حصارهای فلزی توانستند وارد این مکتب دولتی و نظامی شوند. آنها یکی پی دیگر به تمام صنف ها رفتند و بیش از 150 نفر از جمله 132 دانش‌آموز را کشتند و بیش از 120 نفر را زخمی کردند. هر هفت مهاجم در این عملیات کشته شدند.
دادگاه‌های نظامی در سال 2015 و به دنبال کشتن بیش از 130 دانش‌آموز در مکتب متعلق به ارتش پاکستان در سال 2014 ایجاد شدند.
دولت پاکستان بیش از 700 نفر را به این دادگاها ارجاع داده است که حدود 300 نفر آنها به اعدام محکوم شدند.
اکنون با تعلیق ادامه فعالیت این دادگاها مشخص نیست که سرنوشت تعدادی از پرونده‌های ارجاع شده به این دادگاه‌ها چه خواهد شد.
برخی از گزارش‌ها می‌گویند که تعدادی زیادی از افراد ارجاع شده به این دادگاه‌ها از اعضای طالبان پاکستان هستند.
پیشتر و به دنبال ایجاد این محاکم نظامی، مقام‌های پاکستان گفته بودند که دادگاه‌های نظامی به روند اجرای عدالت کمک می‌کنند اما گروه‌های حقوق بشری از پنهانکاری روند فعالیت این دادگاه‌ها انتقاد کرده و مدعی بوده‌اند که این دادگاه‌ها به زور از متهمان اعتراف می‌گیرند.
منتقدان همچنین می‌گویند که دادگاه‌های نظامی به طرز قابل توجهی قدرت و اختیارات ارتش پاکستان را افزایش داده‌اند.
یک کمیسیون بین‌المللی نیز پیشتر و با انتقاد از تشکیل چنین دادگاه‌هایی گفته بود که دادگاه‌های غیرنظامی در پاکستان باید تقویت شده و قضات و بازرسان پرونده‌ها اختیار و امنیت بیشتری داشته باشند.
